Ich benutze JI mit wine 9.0 und Linux Mint 22.
Das Navigieren ist bei Windowsprogrammen unter wine etwas kompliziert. Deshalb landen geänderte Bilder schon mal im Ordner neben der JI.exe.
Ich würde mir in den Grundeinstellungen von JI die Möglichkeit wünschen, einen Ordner fest vorzugeben. Dieser Ordner sollte immer genutzt werden, wenn Einstellungen wie "Im Quellordner speichern" nicht ausgewählt sind.
Bei mir würde der Ordner dann "~/Bilder/JI" heißen.
Ich kann mich nicht erinnern, dass ich das Problem unter Windows hatte.